El área norte de la comuna, que cubre la cuenca del río Los Choros, acredita poblamiento temprano de cazadores y agricultores gracias a su característica microclimática. La riqueza costera en pesca y mariscos, también dio asiento a grupos changos. Tras la Conquista española el área agrícola se destinó al cultivo de aceitunas y el campo a la crianza de ganado mayor, de preferencia toros de lidia.

Desde esa época y durante toda la Colonia fue sitio de paso y descanso para los que usaban el camino costero a Huasco, o 105 que bajaban desde Incahuasi tras haber remontado el Valle de Los Españoles (San Félix) o la quebrada de Marquesa, que se comunica con el valle del Elqui.

En el inicio de la Independencia fue zona de aprovisionamiento y recambio para las caravanas que viajaban desde Freirina y San Ambrosio hasta el puerto de Coquimbo para cargar cobre.

Este auge metalero cuprífero selló su fama al descubrirse valiosos yacimientos en La Higuera y un poco más al oriente, en El Barco, donde también creció un poblado con 200 habitantes.

En la segunda mitad del siglo XIX tenía dos fundiciones con tres hornos y su producción se trasladaba hasta un sitio costero contiguo a Quebrada Honda, donde se habilitó el puerto de Totoralillo, que también tenía dos fundiciones.

Destacan en ese lapso las actividades mineras de Urmeneta y Errazúriz, la testamentaria Vicuña, que construyó el puerto, Lambert y Pedro Pablo Muñoz, que fue el benefactor del pueblo al dotarlo de escuela y terrenos para edificios administrativos: Correo, sitio de postas y Registro Civil. Su primera forma administrativa fue de Subdelegación. La estructura de comuna es coincidente con el inicio de la explotación del hierro en los cordones de Los Tofos y que corren por la cordillera de la Costa de norte a sur.

Las faenas del sector las atendió la Compañía Francesa de Fundiciones que trasladaba el material a Corral, donde se fundía.

A comienzos del siglo XX el yacimiento fierrero fue vendido a la empresa norteamericana Bethelehem que permaneció allí hasta 1954. La comuna controlaba entonces el puerto de Cruz Grande, por donde corrió el primer ferrocarril eléctrico de Sudamérica y surgen otros centros mineros de hierro en Punta Colorada e Incahuasi que mantienen faenas hasta 1960.

Al declinar la demanda internacional se produce una fuerte erosión económica y de servicios delegados. La mayoría de los campamentos desaparecen provocando un reordenamiento de la subsistencia comunal en base al desarrollo de Los Choros como oferta agrícola y pesquera, aparte de explotar todo el sector marítimo como zona de turismo aventura gracias a la limpieza de sus grandes playas y varias áreas que a modo de reservas nacionales protegen especies marinas que habitan esos parajes: pingüino Humboldt y delfines.

Higuera es la única comuna de Chile en que se practica la crianza de asnos a gran escala en su jurisdicción ubicada al norte de La Serena y Vicuña.